在新药研发、机制研究以及功能蛋白探索等多个领域，蛋白靶点识别的准确性始终是科研人员面临的核心挑战之一。传统的蛋白质组学手段虽已实现高通量检测，但在直接鉴定小分子或候选药物与靶蛋白之间的相互作用方面，仍存在“脱靶高、特异性低”的痛点。而随着技术演进，化学蛋白质组学（Chemical Proteomics）作为一项集成了化学工具与质谱技术的新兴策略，正在重塑我们识别和验证蛋白靶点的方式。

一、什么是化学蛋白质组学？

化学蛋白质组学是一种利用功能化小分子探针、共价标记策略与高分辨质谱联用的技术体系，旨在在全蛋白组水平上分析小分子与蛋白的直接或间接结合。与传统蛋白组学的“观察蛋白表达变化”不同，化学蛋白质组学关注的是“蛋白-配体”的真实互作关系，特别适合筛选药物作用靶点、研究蛋白功能网络、以及解析作用机制。

✅ 常见策略包括：

• 活性位点标记（Activity-Based Protein Profiling, ABPP）
• 光交联标记（Photoaffinity Labeling, PAL）
• 亲和捕获-质谱分析（Affinity Capture-MS）
• 靶向共价化学蛋白组学（Covalent Chemical Proteomics）

二、为什么传统方法难以精准识别蛋白靶点？

在缺乏化学标记手段的条件下，蛋白靶点识别主要依赖转录组学差异分析或基于表型的推断模型。这类方法虽具高通量能力，但存在以下局限：

• 间接性强：无法直接观测药物与靶蛋白的结合行为
• 脱靶效应隐匿：无法识别与候选分子非特异结合的蛋白
• 空间分辨率低：缺乏亚细胞定位或动态变化信息
• 低丰度蛋白难捕获：受限于蛋白表达量

三、化学蛋白质组学如何提升靶点识别精准度？

1、原位识别真实结合靶点

通过在小分子结构中引入光敏基团（如苯甲酮）或亲电探针，化学蛋白质组学能够在活细胞或组织中进行交联反应，实现原位标记。这种策略消除了细胞裂解过程中的假阳性干扰，更接近生理状态下的蛋白互作网络。例如，ABPP可将功能基团精确定位到蛋白活性中心，使得仅有具有催化活性的靶蛋白被富集，从而实现特异性极高的靶点捕获。

2、共价捕获提升低丰度蛋白识别率

传统亲和纯化容易丢失低表达或短时存在的蛋白结合物。而化学蛋白质组学通过共价键固定蛋白-配体复合物，可在洗脱、纯化过程中保持结合状态，大幅提高低丰度蛋白和瞬时互作的检出率。例如，采用含有硫酰基或炔基的共价探针，可在反应后进行Click反应富集，进而通过LC-MS/MS实现靶蛋白高灵敏识别。

3、靶标鉴定与位点解析同步完成

不同于传统的“先找蛋白再找结合位点”，化学蛋白质组学可通过标记残基的肽段信息，在一次质谱分析中同步得到：

• 哪个蛋白被标记
• 标记发生在哪个氨基酸位点
• 相互作用的类型（共价/非共价）

这一优势特别适用于结构基础药物设计（Structure-based Drug Design），可为后续分子优化提供精确的结合位点依据。

4、可与定量蛋白组学无缝整合

现代化学蛋白质组学方案常与TMT标记、SILAC、DIA等定量策略协同使用，实现药物处理前后蛋白结合情况的动态定量。

✅ 这一策略尤其适合：

• 比较不同化合物或剂量的靶点差异
• 验证药物特异性
• 评估结合强度与剂量响应关系

在精准医学和新药开发加速推进的背景下，单靠传统的蛋白组学手段已难以满足对靶点识别“高准确率、强特异性、全景覆盖”的需求。化学蛋白质组学以其独有的原位标记能力、共价捕获机制和位点级解析优势，正在成为未来药靶研究的工具。百泰派克生物科技化学蛋白质组学全面解决方案包括从实验设计、样品制备、探针合成、靶标鉴定以及数据分析的全流程，欢迎联系我们，开启定制化化学蛋白质组学服务。

百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 100% 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.专业生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，然后用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，最后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标同时进行表征，百泰派克生物科技可做到同时检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从最小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2.获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

3.业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等；

4.七大质量控制检测平台，满足您一站式服务需求；

5.服务3000+企业，10000+客户的选择；

6.致力于为您提供优质的生物质谱分析服务!

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